In der ersten Hälfte des Jahres 1931 schuf man gewissermaßen die Grundlage, indem die Haushaltungsschule von Nebra nach Naumburg verlegt wurde.
Bevor der reguläre Schulbetrieb starten konnte, waren noch einige Aus- und Umbauarbeiten notwendig. Aber am 26. Oktober 1931 war es so weit. Mit 42 Haushaltungsschülerinnen wurde die Landwirtschaftliche Haushaltungsschule in Naumburg eröffnet.
Zweck der Ausbildung war es den künftigen Landfrauen theoretische und praktische Kenntnisse für die Führung eines ländlichen Haushaltes zu vermitteln. Zu diesem Zweck mussten die Mädchen nur ein Alter von mindesten 16 Jahren erreicht haben und keinerlei weitere Voraussetzungen erfüllen.
Auch in den Kriegsjahren von 1939 bis 1945 wurde die Ausbildung fortgesetzt, wobei sich Inhalt und Ziel der Ausbildung den politischen und gesellschaftlichen Gegebenheiten anpassten.
Im Jahr 1945 musste der Schulbetrieb kurzzeitig eingestellt werden, da das Kriegsende nahte. Aber bereits im gleichen Jahr und noch bis 1949 wurden weiter Landfrauen ausgebildet.

Mit der Gründung der Deutschen Demokratischen Republik am 7. Oktober 1949 änderten sich natürlich auch die Anforderungen an Bildungsinhalte und Ausbildungsziel für die landwirtschaftlichen Schulen.
Naumburg wurde Lehrgangsschule und bildete Spezialisten für Pflanzenschutz und technische Arbeitsnormung vorrangig für die neu geschaffenen Volkseigenen Güter (VEG) aus.

Die neuen Anforderungen durch die Gründung der ersten landwirtschaftlichen Produktionsgenossenschaft (LPG) gingen an der Schule in Naumburg auch nicht vorüber.
So erhielt sie im April 1954 den Status „Fachschule für Landwirtschaft“.
Ausgebildet wurden „Staatlich geprüfte Landwirte“
Die Ausbildung bestand zu jener Zeit noch aus Unter-, Mittel- und Oberstufe, wobei in Naumburg die Unter- und Mittelstufe ausgebildet und die Oberstufe inklusive Abschlussprüfung in Eisenach absolviert wurde.

Zusätzlich wurden ab 1. September 1956 Lehrgänge für „Hopfenbauern“ und „Meister für Technische Trocknung“ für das gesamte Gebiet der DDR angeboten.

Der Prozess zur Vereinheitlichung der Fachschulen führte dazu, dass die Schule in Naumburg ab dem Jahr 1968 den Status „Agraringenieurschule“ bekam und erfolgreiche Absolventen somit Agraringenieure waren.

Im Jahr 1970 erfolgte die Spezialisierung auf die Fachrichtung Pflanzenproduktion.
Ab dem Jahr 1966 bis 1978 gab es einen regen Baubetrieb, um den neuen Anforderungen gerecht zu werden und die Schule zu zentralisieren.
So wurde unter anderem gebaut:
1968 der Schulneubau für ca. 300 Studenten
1969 die Mensa inklusive Küchentrakt
1971 - 1973 das Studentenwohnheim mit 350 Plätzen
1978 die Turnhalle

Ab dem Entersommer 1966 bis 1989 beteiligten sich die Studenten an dem Jugendobjekt „Zentrale Entetechnik“ In verschieden Betrieben kamen die Studenten zum Einsatz und ihre praktischen Fähigkeiten unter anderem bei der Getreideernte einsetzen und ausbauen.
Aber auch Einsätze in der Obst- oder Hackfruchternte waren notwendig.
Ab dem Jahr 1955 wurde ebenfalls die Ausbildung von Landwirten im Fernstudium angeboten. Während ein Direktstudium in der Regel 3 Jahre umfasste, dauerte ein Fernstudium 5 Jahre.

Die politische Wende in der DDR im Jahr 1990 brachte auch tief greifende Veränderungen für die AIS Naumburg mit sich, was Inhalte und Organisation der Ausbildung betraf.
Bei aller Fachlichkeit und Spezialisierung der Ausbildung, darf man schließlich nicht vergessen, dass man „zukünftige staatliche Leiter“ (wie es Klaus Arendt auszudrücken pflegte) ausgebildet hatte.

Noch im Herbst 1989 wurde die Spezialisierung auf den Bereich Pflanzenproduktion aufgegeben und fortan auch der Fachbereich Tierproduktion unterrichtet. Weitere Ausbildungsinhalte wurden Unternehmensführung, Marktlehre, Marketing, Ökologie und Umweltschutz.
Im Herbst des Jahres 1990 wurde der letzte Studienjahrgang für die Ausbildung zum Agraringenieur immatrikuliert.
In diesem Jahr ging Walter Oertel in den Ruhestand und sein Nachfolger als Direktor wurde Dr. Harald Rosenhahn.

Weitere Ausbildungen, wie „Staatlich geprüfter Techniker für Landbau“, Agrarinformatik, Umweltschutz und „Ländliche Hauswirtschaft und Familienpflege“ wurden angeboten.

Ab dem Jahr 1992 trug die Schule den Titel „Fachschule für Agrarwirtschaft“ und es begann die Ausbildung zum „Staatlich geprüften Wirtschaftler“.

Mit dem Abschluss des letzten Durchgangs der Ausbildung zum Agraringenieur wurde 1993 dieser Studienbereich endgültig geschlossen.

Ebenfalls im Jahr 1992 wurde Dr. Harald Rosenhahn von seinen Pflichten als Direktor entbunden und Oswald Rühlmann wurde sein Nachfolger.

Durch weitere Umstrukturierungen im Bildungssystem verlor Naumburg an Bedeutung und musste große Bereiche der Ausbildung bis 1998 abgegeben. Es verblieb nur noch die Teilausbildung „Staatlich geprüfter Wirtschaftler“.
Die meisten Lehrkräfte gingen in Rente oder den Vorruhestand.

Dies war faktisch das Aus für die AIS Naumburg, welche nur noch eine Außenstelle der Fachschule Biendorf war.
Das Objekt Neidschützer Strasse wurde 1998 in die Grochlitzer Strasse verlegt und noch bis in das Jahr 2002 „Staatlich geprüfter Wirtschaftler“ ausgebildet.

Im November 1994 war die Mensa der AIS Naumburg der Gründungsplatz für den Absolventenverein der Fachschule für Agrarwirtschaft Naumburg e.V..
In regelmäßigen Abständen organisiert der Verein Treffen der ehemaligen Absolventen und Lehrer.